气相色谱仪遇到基线问题时应先检查仪器条件是否有改变，近期是否新换气瓶及设备配件。如果有更换或条件有改变，则要先检查基线问题是不是由这些改变造成的，一般来说，这种变化往往是产生基线问题的原因。要先找到原因才能解决。
一般来说，导致气相色谱仪基线波动和基线漂移的原因如下：
1，气体污染：包括空气泵油污进入气体管路、气泵的过滤器（硅胶）过潮或被污染、气瓶气体不纯。
2，流量不稳：由于气泵或气瓶、进样隔垫泄露、进样口未旋紧、色谱柱密封口密封差、色谱仪气体流量控制系统故障等。
3，色谱系统污染：包括进样口污染（包括进样隔垫吹扫气不足、衬管污染、柱头口污染）、色谱柱污染（尝试老化）、检测器污染（检测器及喷嘴降温后拆卸泡甲醇超声后，纯化水超声半小时）。
4，色谱柱固定线流失：柱箱温度是不是超过了色谱柱最高耐受温度，或样品中含有大量的强氧化性强酸性或强碱性的物质，甚至大量的气态水进入不耐水的色谱柱等等，都会引起色谱柱固定相流失，流失的硅胶会在检测器上显示出信号，形成波动。
当排除了以上可能造成气相色谱仪基线问题的原因后，则应当检查进样垫是否老化(应养成定期更换进样垫的好习惯);石英棉是不是该更换了;衬管是否清洁。值得一提的是，清洗衬管时可先用试验最后定容的溶剂充分浸泡，再用超声波清洗几分钟，然后放入高温炉中加热到比工作温度略高的温度，最后再重新安装。此外，检测器污染也可能造成基线问题，其可以通过清洗或热清洗的方法来。
